三清山是绿色宝库和天然动植物的基因库。已查明有高等植物253科,984属,2373种。森林覆盖率89.7% ,林木绿化率90. 1% ,活立木总积量达162. 63万立方米。生态环境较之20世纪90年代有较大改善。
在第四纪冰期，由于全球气温普遍下降,大量植物遭到毁灭性的摧残，三清山因为复杂的微地貌地形环境，成为第四纪冰期时东亚最重要的“生物避难所”。山间原始森林茂密，经济、药用、观赏、子遗等植物条带分明,其中不少珍稀名贵树种，富有经济和观赏价值，如华东黄杉、黄山松、南方铁杉福建柏、香果树、黄杨、铁松、白豆杉、木莲和银杏等等，多列为国家一二类保护植物。华东黄杉,1979年江西首见，分布广，数量多，全国军与伦比;黄山松生态奇特，冠幅平展，疏密有致，山岗、池畔、险崖、深壑,生不择地，分布广，“貔貅”“并蒂”“鸞鸯”“倒挂”“卧龙"“探海",形态各异。山北麓王祜旧居颐乐观旧址,有数百年的罗汉松、璎珞柏银杏、丹桂以及稀有的方竹。山上花卉种类繁多，四季飘香，色彩缤纷，《中国植物图鉴》认为江西只有庐山栽培的天女花最为珍稀,但在三清山，仅三清福地附近的沟谷中即已发现40余株;杜鹃花品种多样,遍布金山高山杜鹃林连片数千亩。大的树高10数米，直径达30多厘米。每年的5- 6月，杜鹃花姹紫嫣红，-派"四月芳菲尽,山中始盛开”的绚丽景色，令人心醉。杜鹃花因此成为上饶市”市花”。其他珍贵花卉，尚有红山茶玉兰等等。据调查鉴定有349种中草药材，石耳、灵芝、黄连、沙参以及贵重蛇药独蒜兰、“十大功劳”等名贵药材，遍山可见。此外，三清山还有远近闻名的天然士特产品铁皮石斛、三清红茶、黄金茶云雾茶、蜂蜜、香菇、木耳板果、茶油等。
